Wilayah proyek PTFI berada di Propinsi Papua, bersebelahan dengan wilayah Taman Nasional Lorentz yang memiliki luas 2,5 juta hektar dan dinamakan Situs Warisan Dunia UNESCO pada tahun 1999. Keseluruhan wilayah Papua bagian selatan memiliki tingkat endemik yang tinggi serta merupakan salah satu yang memiliki tingkat keanekaragaman hayati tertinggi di Asia Tenggara. Serupa dengan wilayah proyek PTFI, kawasan tersebut merupakan wilayah utuh yang menghubungkan pegunungan dan lingkungan biologi tropis, termasuk lahan basah di dekat dan sepanjang daerah pesisir. PTFI tidak melakukan kegiatan di Taman Nasional Lorentz.

Guna mempermudah pengelolaan keanekaragaman hayati secara efektif, kami melakukan sejumlah besar kajian ekologi dan keanekaragaman hayati di dalam wilayah proyek kami. Penelitian keanekaragaman hayati tersebut dilakukan bersamaan oleh para pakar dari Indonesia dan internasional, termasuk survei terhadap tumbuh-tumbuhan (dari dataran rendah, Montane, Sub-alpin, Alpin and Nival Zone), etno-botani, tanaman obat, mamalia, burung, amfibi, reptilia, ikan, hewan tanah dan serangga air maupun darat. Kebanyakan studi tersebut dapat secara langsung diterapkan dan tersedia bagi para peneliti yang ditugaskan untuk melakukan pengembangan rencana pengelolaan Taman Nasional Lorentz.

Selain itu, kami mendukung sejumlah besar penelitian ilmiah tentang keanekaragaman hayati melalui kerja sama dengan lembaga-lembaga swadaya masyarakat internasional serta Pemerintah Indonesia di seluruh Provinsi Papua. Salah satu kegiatan yang didukung oleh PTFI pada tahun 2005 adalah ekspedisi konservasi internasional ke daerah Pegunungan Foja di Papua yang menghasilkan penemuan banyak spesies baru tanaman, burung, katak, serangga dan mamalia.