PTFI menangani overburden melalui sebuah Rencana Pengelolaan Overburden komprehensif yang telah disetujui oleh Pemerintah Indonesia. Banyak logam terdapat di alam dalam bentuk mineral sulfida. Pada saat bijih ditambang dan overburden yang mengandung sulfida terpapar, maka reaksi air, oksigen dan bakteri alami berpotensi membentuk asam belerang. Air bersifat asam tersebut dapat melarutkan logam yang terkandung di dalam batuan overburden dan terbawa dalam sistem pembuangan air, dan apabila tidak dikelola dengan baik dapat menimbulkan dampak negatif terhadap lingkungan. Proses tersebut dikenal dengan nama air asam tambang.

PTFI melakukan pengelolaan dan pemantauan terhadap air asam tambang yang dihasilkan oleh kegiatannya. Berbagai audit independen yang dilakukan terhadap sistem pengelolaan lingkungan hidup PTFI mencapai kesimpulan bahwa program pengelolaan overburden kami "terpadu dengan baik" dan "konsisten dengan praktik-praktik internasional". Sesuai rencana pengelolaan overburden yang telah disetujui oleh pemerintah, PTFI menempatkan overburden pada daerah-daerah terkelola di sekitar tambang terbuka Grasberg. Rencana PTFI untuk mengurangi dampak air asam tambang dilakukan dengan menampung dan mengolah air asam tambang yang ada, bersamaan upaya proses pencampuran dengan batu gamping dan penutupan daerah penempatan overburden dengan batu gamping guna mengelola pembentukan air asam tambang di masa datang.