Tailing adalah sisa batu alam yang digiling halus hasil pengolahan bijih mineral. PTFI menggunakan proses pengapungan (flotasi), yang merupakan pemisahan secara fisik mineral yang mengandung tembaga dan emas dari batuan bijih. Dalam proses tersebut tidak digunakan merkuri maupun sianida. Sebuah daerah aliran sungai mengangkut sedimen tersebut menuju sebuah areal pengendapan yang telah ditentukan di kawasan dataran rendah dan pantai, yang dinamakan Modified Deposition Area (Daerah Pengendapan Dimodifikasi), yaitu sebuah sistem yang direkayasa dan dikelola bagi pengendapan dan pengendalian tailing. Sistem pengendapan tailing tersebut dilakukan sesuai rencana pengelolaan tailing yang komprehensif dari PTFI, sebagaimana telah disetujui oleh Pemerintah Indonesia.
Sebagai bagian dari AMDAL yang selesai pada tahun 1997 dan telah disetujui pemerintah, disepakati bahwa tiga dari 12 opsi pengelolaan tailing, akan dikaji lebih lanjut. Sebuah Komite Pengkajian Tailing terdiri dari anggota Tim Dewan Peninjauan Penilaian Risiko Lingkungan, Dewan Penasihat Lingkungan PTFI dan pimpinan PTFI, dibentuk untuk mengkaji seluruh opsi tersebut. Setelah menyelesaikan 11 kajian rinci, termasuk analisis data penginderaan jarak jauh, evaluasi terhadap berbagai opsi pemipaan, kajian berbagai pertimbangan geoteknis, dampak banjir dan hidrologi, serta serangkaian analisis risiko, maka Komite Pengkajian Tailing menyimpulkan bahwa sistem pengelolaan yang diterapkan saat ini, yaitu mengalirkan tailing menuju daerah pengendapan, merupakan yang terbaik dari semua opsi yang ada. Audit-audit independen terhadap sistem pengelolaan lingkungan PTFI menghasilkan kesimpulan yang sama.
PTFI tetap melanjutkan kerjasama dengan berbagai pakar dari dalam dan luar negeri guna memastikan bahwa praktik pengelolaan tailing yang dilakukannya merupakan alternatif terbaik, dengan mempertimbangkan kondisi geoteknis, topografi, iklim, seismik dan curah hujan yang berlaku. Sistem pengendapan tailing tersebut melibatkan pembangunan struktur penahan beban lateral, atau tanggul, untuk membentuk areal bagi pengendapan tailing yang terkendali. Sistem tersebut senantiasa menjalani berbagai peningkatan, termasuk inspeksi, pemantauan dan proyek penahan tailing.
PTFI telah melakukan penyelidikan dan mengimplementasikan berbagai teknik penahan khusus yang dirancang untuk menghalau aliran dan mendorong pengendapan dalam batas-batas daerah pengendapan tersebut. Rencana penahan tailing tersebut memecah daerah pengendapan menjadi tiga bagian berdasarkan elevasi, besaran butir sedimen, dan jenis aliran, serta merinci teknik-teknik tertentu yang akan diterapkan pada setiap bagian. Teknik-teknik penahan tailing antara lain termasuk: penggunaan penyaring hayati (bio-filter) (dengan penanaman rumput phragmites dan bakau), permeable groin, struktur pengalih aliran, dan berbagai aplikasi rekayasa lainnya. Sebuah kelompok teknik - terdiri dari pakar internasional maupun wakil dari Institut Teknologi Bandung dan PTFI - telah dibentuk untuk mengembangkan dan menerapkan teknik-teknik penahan tailing yang paling efektif.
PTFI juga telah menyerahkan sebuah Kajian Risiko Lingkungan rinci terhadap sistem pengelolaan tailing kepada Pemerintah Indonesia. Dalam kajian tersebut ditemukan bahwa dampak lingkungan yang ditimbulkan oleh perluasan kegiatan PTFI konsisten dengan yang telah diantisipasi dalam dokumen AMDAL perusahaan yang selesai disusun tahun 1997 dan telah disetujui oleh Pemerintah Indonesia.
Berbagai kajian terhadap reklamasi tailing dan pembangunan lahan percontohan di atas kawasan tailing menunjukkan bahwa penghijauan/penanaman kembali lahan tailing dapat dengan mudah dilakukan dengan menggunakan tanaman asli maupun tanaman pertanian. Bahkan, kolonisasi alami terjadi dengan pesat. Apabila kegiatan pertambangan telah selesai, daerah pengendapan tersebut dapat direklamasikan dengan tanaman alami ataupun digunakan untuk tujuan pertanian, kehutanan atau budi daya air. Rincian atas hasil-hasil yang telah diperoleh hingga saat ini disajikan secara lebih rinci pada bagian Reklamasi dan Penghijauan di halaman berikut.
Pengambilan sampel secara luas terhadap mutu air dalam sistem pengelolaan tailing menunjukkan bahwa air pada sungai yang mengangkut tailing dari pabrik pengolahan PTFI di daerah dataran tinggi menuju daerah pengendapan di dataran rendah telah memenuhi baku mutu air bersih untuk logam terlarut sesuai peraturan Pemerintah Indonesia maupun USEPA (Lembaga Perlindungan Lingkungan AS). Data dari pengambilan sampel hayati tetap menunjukkan bahwa muara estuaria pada bagian hilir daerah pengendapan tailing adalah ekosistem yang masih berfungsi, berdasarkan jumlah spesies maupun jumlah spesimen organisme nektonik yang terkumpul, seperti ikan dan udang.

